生产生物柴油的原料主要是餐饮业废油、榨油厂下脚料、废弃动物脂肪、东南亚棕榈油等植物油。第一代生物柴油和第二代生物柴油的生产原料相同，但是采用不同的生产工艺，分别为酯交换和催化加氢。两者得到的产品化学结构不同，第二代生物柴油与石油基柴油属于同性质产品，生产的产品化学成分为C12~C20的烷烃(大部分为C15~C18)，具有较低的密度和较高的十六烷值、硫含量较低、倾点低以及与柴油相当的氧化安定性等优势。与此同时，第二代生物柴油的二氧化碳排放量比柴油低，可以减少限制的和非限制的污染物排放（包括SOx、NOx），还可以减少颗粒物排放量，并且能大大减少发动机结垢，噪声明显下降
